Kerjasama yang dilakukan FMIPA meliputi institusi pemerintahan, swasta, lembaga masyarakat baik dalam maupun luar negeri. Kerjasama dilaksanakan dalam bentuk pengiriman tempat magang mahasiswa, tempat penelitian dan pengabdian dosen dan mahasiswa, penyelenggaraan seminar, kuliah tamu, workshop. Dalam rangka melaksanakan dan meningkatkan kerjasama kemitraan dengan institusi dalam dan luar negeri, Program Studi Ilmu Lingkungan melakukan kerjasama dengan lembaga-lembaga seperti kerjasama antar universitas, kerjasama pemerintah kabupaten/kota, kerjasama dengan balai penelitian, lembaga di bidang kesehatan dan pihak swasta. Pihak mitra yang melakukan hubungan kerjasama dengan Program Studi S1 Ilmu Lingkungan ini antara lain terdiri dari 22 pihak yang sesuai dengan data LKPS. Lembaga mitra yang telah menjalin kerjasama ini antara lain IALHI (Ikatan Ahli Lingkungan Hidup Indonesia), PEPSILI (Perhimpunan Program Studi Ilmu Lingkungan), KLHK (Kementerian Lingkungan Hidup dan Kehutanan), PT Jasa Tirta Energi, Taiwan Corner, LPTP (Lembaga Pengembangan Teknologi Pedesaan Surakarta), RSUD Banten, RS UNS, Balai Besar Kulit Karet dan Plastik, Fakultas MIPA USU, PT Dirgantara Indonesia, Fakultas Mipa UNRI, Akademi Angkatan Udara, PT Kimia Farma, Naturafit Herbal, RS.PKU Surakarta, Lembaga Farmasi Puske TNI AD, PT Phapros, RSUD Sragen, dan PT Ifars. Hasil kerjasama berupa beasiswa, tempat Kuliah Magang Mahasiswa, tempat survei dan pengambilan data untuk penelitian dan tugas akhir, pelaksanaan pengabdian pada masyarakat, kuliah pakar, workshop, pelatihan, dan Forum Group Discussion (FGD).
Dalam rangka melaksanakan dan meningkatkan kerjasama kemitraan dengan institusi luar negeri, Program Studi Ilmu Lingkungan secara aktif menyukseskan program internasionalisasi yang telah dirancang oleh UNS. Adapun bentuk kegiatan yang sudah dilaksanakan Program Studi Ilmu Lingkungan meliputi Taiwan Corner tentang pengiriman delegasi dosen. Kerja sama ini berlaku selama 5 tahun mulai dari penandatangan MoU pada tanggal 14 April 2016 hingga 13 April 2021. Dari kerja sama kemitraan dengan Taiwan Corner, Program Studi S1 Ilmu Lingkungan dapat mengirimkan staff dosen yakni Aru Dewangga ke Taiwan pada tahun 2018. Sehingga, terjalin hubungan dan jejaring kerja sama antara program studi S1 Ilmu Lingkungan dengan Taiwan Corner.